Генетическая структура европейской популяции.

[progenes]

Я уже писала о технических возможностях анализа человеческого генома. Совсем недавно завершился еще один масштабный проект анализа геномных различий у европейцев - Population Reference Sample POPRES: исследовались одновременно около 500 тыс отдельных различий в ДНК (single nucleotide polymorphism SNP) у около 3 тыс европейцев. После того, как эти различия были зафиксированы, ими занялись математики, которые с помощью метода главных компонент сгруппировали различия по двум координатам. В результате образовались паттерны "подобных различий". И что вы думаете? Они чудесным образом совпали с...

современной географической картой.


Большие цветные блямбы показывают медиану в национальной популяции. Буквами показано отдельных индивидуумов. Можно сравнить с географической картой и поразиться, что в некоторых случаях генетическое различие совпадает с предсказанным местом его географического местоположениея с точностью до 100 км.


Однако внимание, в случае Украины, Дании, Финляндии, Латвии и Словакии речь идет всего об одном представителе.

Выводы:

1.В Европе наблюдается относительная генетическая гомогенность, а те различия, которые мы наблюдаем, обусловлены определенной географической изоляцией.
2. То, что отдельные этнические группы попадают в различные кластеры, свидетельствует не только о культурном различии, но с определенной долей о биологическом различии.
3. Некоторые группы попадают в отдельный неперкрывающийся с другими кластер, как например испано-португальская группа не перекрывается со шведской. Некоторые перекрываются в равной мере как ирландия с британцами. Однако в некоторых случаях наблюдается ассиметричное перекрывание : югославы внедряються в греческий кластер, но не наоборот.

Источник Genes mirror geography within Europe в журнале Нейчер.

Comments

[orphanka.livejournal.com]

Не серчай, не хотела обидеть.
Возможно я глубоко не права, но вот такие у меня впечатления. Очень уж размашисто звучит, для человеческой-то популяции.
Тут народ на мышах вусмерть бьется, чтобы понять почему одна линия от другой отличается, например http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18322187
И то выходит со скрипом.

[progenes.livejournal.com]

Слушай, ну это же разные объекты, разная постановка научного вопроса, требующая разных подходов в решении. Нельзя отказывать популяционной генетике в праве использовать свои методы для решения своих задач, только на основании того, что их методы не подходят для решения различий между двумя линиями мышей.
У меня, кстати, та же проблема. Я конкретно вырубила известный мне ген в линии гороха и пытаюсь до сих пор понять, к чему это в конечном счете привело. При этом я признаюсь, попробовала применить и геномику. Не могу сказать, что мне сразу все стало ясно и понятно даже после этого. Мы получаем массивный блок информации, который совершенно невозможно интепретировать научным языком, который принят в среде ученых, изучающий один единственный метаболитический путь с тремя генами. У меня тысячи генов, которые среагировали на антисенс репрессию и здесь очень важно найти тот уровень интерпретации, чтобы не погрузиться в голое спекулирование. В этом смысле работа по изучению европейской популяции интересна как раз тем, что она удержана в приличных рамках. На самом деле все претенции по подбору проб не учитывают один важный фактор: мы ничего не знаем о наследственной истории каждого объекта, а фиксируем стеди стей уровень распределения снипов. С этой точки зрения неважно, одинаковое количество проб с каждой страны или нет и то, где они географически проживают.

[orphanka.livejournal.com]

Да вымерли уже как мамонты ученые, которые изучают "один единственный метаболитический путь с тремя генами". Разве что те, кто по митохондриям, да и там сейчас уже информационная катастрофа.
Про массивные блоки информации я все понимаю, но речь не о том (какой-нибудь microarray дает не менее массивные блоки - та же статья, что я процитировала - люди прочесали ВСЕ снипы, отличающиеся между двумя линиями мышей), речь о том, что мне лично не очень понятно соотношение затрат и результатов во всех этих супер-пупер геномно-протеомных проектах. И каждый раз одна песня "это у нас побочный продукт, а на сааамом деле". Космонавтика, одним словом.

[progenes.livejournal.com]

Ну у нас нет доступа до статьи в этом журнале, поэтому мне сложно судить в чем там проблема. Вижу только абстракт. Но лично меня насторожила вот эта твоя фраза "люди прочесали ВСЕ снипы, отличающиеся между двумя линиями мышей". Может я не правильно поняла, но я не вижу вообще смысла в сравнении снипов между ДВУМЯ линиями мышей. Если это две линии, то чесать надо не только их, а гибриды между ними и не одно, а несколько поколений.

Мадам знает толк!

[orphanka.livejournal.com]

Конечно гибриды - а как еще чесать снипы, если нужно связать фенотип с неизвестно каким геном? Скрещивали, смотрели снипы и прилагающийся к ним фенотип, в данном случае склонность к спонтанной аутоиммунной бяке - СКВ, пока не нашли какой именно участок (не ген - участок, генов там было десятков пять) и уж потом на этом участке копали по конкретным генам.
Наверное мне воображения не хватает, я не очень понимаю как можно такого же стиля связь ген-фенотип добиться методами популяционой генетики... Я могу еще понять, что можно как-то выжать толк из сравнительного анализа снипов группы людей с конкретной болезнью или склонностью к оной, а так - абстрактно ...
Звучит шапкозакидательски.

[orphanka.livejournal.com]

Статью могу прислать, но суть я уже изложила, а так там сплошные детали. Малоинтересные вне контекста патогенеза волчанки.

[progenes.livejournal.com]

Да нет, статью не надо. Ты уже все рассказала. Ну понимаешь, вот ты собираешь статистику снипов по человеческой популяции. У тебя на самом деле нет никакой другой информации, кроме как географический ориджин. Даже с болезнями ты не можешь в даном случае кореллировать, только разве если уже ЕСТЬ информация, что какой-то конкретный снип уже привязан к болезне. То есть ты только тупо сравниваешь снипы и в даном случае СНИПЫ для тебя сами по себе ФЕНОТИП (а то, что они и генотип, никакой роли не играет). Ну вот такой парадокс. Снип как фенотип. В этом смысле у нас имеет место простое сравнение фенотипов по единому известному нам фактору - происхождение. НО! Если мы зафиксируем какой-то трейт. Например во всех пробандов замеряем длину руки или цвет кожи, то мы можем попытаться привязать снип до этой длины руки или цвета кожи. (Это очень грубый пример) Это возможно при большой выборке.

Да понимаю. Но все расно жиденько ...

[orphanka.livejournal.com]

Вообще, конечно, я им все прощу за фразу "The results emphasize that when mapping the genetic basis of a disease phenotype, spurious associations can arise if genetic structure is not properly accounted for" - давно пора понять, что диабет у турка совсем не то же самое, что диабет у финна. Если такие публикации таки пробьют брешь в политкорректной медицинской уравниловке, будет нам всем счастье и радость.

И вот это порадовало, конечно "individual's DNA can be used to infer their geographic origin with surprising accuracy—often to within a few hundred kilometres." - народ смеется, да? За 300 километров в Европах можно три границы пересечь.