Про Аватар.

[progenes]

Все посмотрели уже Аватар? Понравилось? А теперь смотрите сюда и слушайте. Если дело пойдет и дальше так, то фиг вы получите не только клонированных инопланетян, но и людишек даже в ближайшие тыщу лет!

Приблизительно в 2001 году у нас в группе стартовал проект по визуализации развития ячменного семени. Идея заключалась в том, чтобы накрошить семя на тонкие срезы, все заснять и сложить с помощью информатиков в 3D модель. Это программа-минимум. Программа-максимум заключалась в том, чтобы сделать точный анатомический атлас семени и интегрировать в модель места работы определенных генов. Лет пять бодались, получилась убогая картинка, которая не обогатила человечество знаниями ни на йоту. Вот такая.


Взяли на проект нового цитолога и новых информатиков, дали им лазер для нарезки. Накрошили и собрали модель чуток получше. Но показать вам ее я не могу, потому что биологи поссорились с информатиками по поводу на каком сервере вывешивать картинки - у нас в институте, или у них в недружественном университете. Пока не решат, человечество так и не узнает, что там в ячменном семени внутри. Впрочем, ничего нового там тоже не нашли, просто красиво. Я видела.

UPD: оказалось, что самые красивые картинки ньювасюковцы Pattern Recognition Group выложила у нас на сайте: Projects=>Automatic Generation of 3-D and 4-D Models. Выглядит душераздирающе.

Теперь касательно реализации программы-максимум про те гены, которые там работают. Я там каким-то боком, поэтому расскажу, меня прет. Вырезали лазером ткани очень махонькие из этих срезов. Выделили из них РНК и загибридизовали на ячменный чип на котором 43 тысячи генов. Звучит наверное очень красиво и удивительно. Но пока все интеллектуальные силы информатиков брошены на конструирование 3D-эффектов Аватаров, я тут обливаюсь горючими слезами. Я уже вижу, какие генные последовательности включились в этом гребаном семени, я головой и ручками в Экселе посчитала. Но как только я решила посмотреть, что именно это за гены, то тут (цензоред) меня ждало жестокое разочарование. Потому что из всех 43 тыщ генов автоматически определены едва 5%. А остальное 95% неидентифицированное нечто по 60 нуклеотидов длинной. И вот уже вторую неделю я терзаю всемирное биоинформатическое комьюнити в надежде, что может какая биоинформатическая сволочь их когда-то где-то определила, иначе все эти чипы (цензоред)коту под хвост. Мне "пшеничные" спецы смеются гомерически в лицо, потому что у них дела обстоят еще хуже, у них и этой информации нету.

А в это время, в Германии финансирование немецкого кинематографа больше, чем финансирование науки. А бюджет одного голливудского Аватара будет поболе финансирования всей мировой биоинформатики. Поняли? Так что клонированные аватары в ближайшем будущем только в кино.

Comments

[intracer.livejournal.com]

А самому (with little help from your friends) написать и в опенсорс выложить?

[intracer.livejournal.com]

Если в экселе посчитать можно, то и скрипт должно быть несложно написать

[progenes.livejournal.com]

Вы будете смеяться, но я уже сделала ссылочку В глубь языка Python и думаю на досуге начинать переквалификацию в управдомы биоинформатики. Сколько можно! Но я ж в информатике смыслю приблизительно так же, как в китайском.

[intracer.livejournal.com]

в общем для начала программирование - это как давать команды в специальном формате - не сложнее чем 1) набери в чайник воды 2) поставь на плиту 3) зажги огонь 4) выключи когда закипит.

Ершов говорил "Программирование — вторая грамотность" :)

[progenes.livejournal.com]

Хорошо сказал Ершов. Все указывает на то, что рано или поздно придется с этим познакомиться поближе.

[roman_sharp.livejournal.com]

Будем пытаться помогать, если чё. Я Питона не знаю, но питонщиков знакомых есть, учебных материалов себе на винт уже сбросил (и смотрел - запредельного не увидел), стимула только нету еще ;)

Книга, кстати, старая а Питон с тех пор несколько раз серьезно обновлялся. Если чего надо будет - пишите в личку, пороюсь в закромах.

[intracer.livejournal.com]

я програмист. питон немного знаю, несколько программок на нем написал

[progenes.livejournal.com]

помните, я всех вас беру на карандаш!

[permea-kra.livejournal.com]

У вас в каком формате данные и что за задача? Если она несложная, то может я что и сваяю.
Python и всякая скриптофигня требуют таскания интерпретатора, а питон ещё и нестабилен между версиями, поэтому писать на питоне - не лучшая идея.

[http://sepulcarium.org/blog/ (from livejournal.com)]

А на чём ещё писать? Не на C/C++ же. Необходимость таскать интерпретатор вовсе не проблема. Тормознутость питона, да может оказаться проблемой. Можно, конечно писать на R, но он начинает задыхаться на совершенно скромных объёмах данных: пара миллионов ставят его на колени.

[permea-kra.livejournal.com]

>>А на чём ещё писать?
Лично я могу ответить только одним способом - на haskell, благо есть и библиотека по биоинформатике и тульзы-примеры. Но рекомендовать его для широкой общественности не могу - язык таки изрядно марсианский.

На плюсах, кстати, некоторые вещи бывает удобно писать, если не лениться STL использовать.

Если совсем ничего раньше не писали и нет на прицеле конкретной библиотеки, то классика жанра - Scheme, благо на ней совершенно классический и, пожалуй, один из самых правильных курсов построен - SICP (structure and interpretation of computer programs), и сам язык достаточно мощен.

Если есть библиотека на прицеле (библиотеки по биоинформатики есть и много) - то на языке с интерфейсом к библиотеке.

python лично я не считаю правильным выбором из-за того, что язык не стандартизирован и авторы его опять перекручивают.

[pogorily.livejournal.com]

Знаете ли, цивилизация (любая, начиная еще с шумерской) сильна именно разделением труда.
То есть не тем что каждый "и швец и жнец и на дуде игрец" (как было когда-то, а теперь сохранилось лишь в примитивнейших обществах), а тем, что есть спецы каждый в своей области. И, в частности, биохимик не должен тратить свое время на программирование, профессиональный программист сделает то же в довольно много раз быстрее. В результате этого и получается, что 100 специалистов, каждый в своей области, делают за то же время в разы больше, чем 100 универсалов.

[intracer.livejournal.com]

на практике программиста еще нужно найти (может оказаться непонимающий, тогда повтор цикла), замотивировать, дать задачу - обьяснить что делать, проверить что он сделал правильно, внести изменения (повтор цикла). все это очень непросто

[pogorily.livejournal.com]

На эту тему есть организация труда. Тоже довольно давно придуманная.
Вот например у меня на работе программист сидит за соседним столом. Знающий, понимающий, я с ним общий язык давно нашел. Мотивирован он тем же что и я - в одной кассе зарплату получаем. Если он загружен другой работой - через начальника решаем, что в каком порядке делать, как ему силы и время свои делить. За это, собственно, начальство деньги и получает - чтобы соотношение между числом спецов разных профилей было какое надо и чтобы они работали совместно.

[intracer.livejournal.com]

у каждого свой случай. Вы наверно английский знаете, а не пользуетесь переводчиками. Программист/физик может знать физику/математику или физик/математик уметь программировать если им это нужно.

[pogorily.livejournal.com]

Английский я знаю довольно специфически.
Чтение технической документации на английском - часть работы инженера-электронщика (именно такова теперь моя профессия, до того более 10 лет был программистом). Без этого просто никак, вся документация на английском. Естественно, я этим владею.
Но вот когда попросили помочь перевести медицинский текст - сразу пришлось доставать словарь Мюллера. Там масса терминов, в моей профессиональной практике не встречающихся.
И когда мне предложили заняться переводами (технических текстов по моей специальности), не получилось. Я попробовал - понимаю-то я с ходу, а вот изложить на русском получалось медленно. Понял что очень мало заработаю и отказался.

А что касается двух специальностей - может, да, а может, нет. У кого получается, у кого нет.