Про Аватар.

[progenes]

Все посмотрели уже Аватар? Понравилось? А теперь смотрите сюда и слушайте. Если дело пойдет и дальше так, то фиг вы получите не только клонированных инопланетян, но и людишек даже в ближайшие тыщу лет!

Приблизительно в 2001 году у нас в группе стартовал проект по визуализации развития ячменного семени. Идея заключалась в том, чтобы накрошить семя на тонкие срезы, все заснять и сложить с помощью информатиков в 3D модель. Это программа-минимум. Программа-максимум заключалась в том, чтобы сделать точный анатомический атлас семени и интегрировать в модель места работы определенных генов. Лет пять бодались, получилась убогая картинка, которая не обогатила человечество знаниями ни на йоту. Вот такая.


Взяли на проект нового цитолога и новых информатиков, дали им лазер для нарезки. Накрошили и собрали модель чуток получше. Но показать вам ее я не могу, потому что биологи поссорились с информатиками по поводу на каком сервере вывешивать картинки - у нас в институте, или у них в недружественном университете. Пока не решат, человечество так и не узнает, что там в ячменном семени внутри. Впрочем, ничего нового там тоже не нашли, просто красиво. Я видела.

UPD: оказалось, что самые красивые картинки ньювасюковцы Pattern Recognition Group выложила у нас на сайте: Projects=>Automatic Generation of 3-D and 4-D Models. Выглядит душераздирающе.

Теперь касательно реализации программы-максимум про те гены, которые там работают. Я там каким-то боком, поэтому расскажу, меня прет. Вырезали лазером ткани очень махонькие из этих срезов. Выделили из них РНК и загибридизовали на ячменный чип на котором 43 тысячи генов. Звучит наверное очень красиво и удивительно. Но пока все интеллектуальные силы информатиков брошены на конструирование 3D-эффектов Аватаров, я тут обливаюсь горючими слезами. Я уже вижу, какие генные последовательности включились в этом гребаном семени, я головой и ручками в Экселе посчитала. Но как только я решила посмотреть, что именно это за гены, то тут (цензоред) меня ждало жестокое разочарование. Потому что из всех 43 тыщ генов автоматически определены едва 5%. А остальное 95% неидентифицированное нечто по 60 нуклеотидов длинной. И вот уже вторую неделю я терзаю всемирное биоинформатическое комьюнити в надежде, что может какая биоинформатическая сволочь их когда-то где-то определила, иначе все эти чипы (цензоред)коту под хвост. Мне "пшеничные" спецы смеются гомерически в лицо, потому что у них дела обстоят еще хуже, у них и этой информации нету.

А в это время, в Германии финансирование немецкого кинематографа больше, чем финансирование науки. А бюджет одного голливудского Аватара будет поболе финансирования всей мировой биоинформатики. Поняли? Так что клонированные аватары в ближайшем будущем только в кино.

Comments

[progenes.livejournal.com]

Вот у меня тоже сильное подозрение, что весь прогресс кино и ограничится. Ладно бы у нас какой захудалый университетик, у нас как бы самая передовая мировая лаборатория по вопросу развития ячменного зерна. Круче уже нету. Возятся, секвенируют что-то, но таааак любительски все это смотрится на фоне голливудских флюоресцуирующих пейзажей.

[voidozer.livejournal.com]

Ну да, зато киношный аватар умеет приносить деньги прямо сейчас в отличии от научных проектов.

[btr-a.livejournal.com]

миллиардная выручка обязывает..
а тут когда ещё будет результат, и наплевать, что выручка будет поболее

[ex-tripgun357.livejournal.com]

прорвёмся. пока автора аватаров заказывают себе новое железо для художеств, "старое" становится более доступным. если так и дальше пойдёт, "семки рубить" можно будет и на телефоне.

[progenes.livejournal.com]

Во-во, наши цитологи картинки компилируют каким-то софтом-обносками с развлекательных порталов.

[zametilprosto.livejournal.com]

Читал где-то, что Парк Юрского периода и последующая всемирная динозавромания резко увеличила ассигнования (частные в первую очередь) на палеонтологию.

Может, Аватар поможет клонированию ячменя?

[progenes.livejournal.com]

(мрачно) разве что клонированию инопланетян поможет

[popol-v.livejournal.com]

Мда, обидно. Надо бы какую-нибудь войнушку устроить. Чтоб и гонка вооружений была, и противостояние систем. >_>

[progenes.livejournal.com]

ну да, без войны человечество как-то сложно мотивировать.

[maxim.livejournal.com]

Спочатку побудують мозок, а потім вже все інше.

[progenes.livejournal.com]

Щось мені підказує, що мозок будують приблизно так само, як і модель насіння.

[802-11.livejournal.com]

Модель просто шикарная, спасибо за ссылку.

Да, бюджеты это здорово. Особенно в сравнении. А у вас нет случаем точных цифр/источника насчет
>в Германии финансирование немецкого кинематографа больше, чем финансирование науки. А бюджет одного голливудского Аватара будет поболе финансирования всей мировой биоинформатики.
?

[achernitsky.livejournal.com]

Как-то в 70 я молодым специалистом попал на конференцию по эмбриологии. Так там одна бабулька показывала трехмерные реконструкции эмбрионов на ранних стадиях, которые она из тончайшем проволоки ваяла.

И никаких компьютеров

[stetson-hat.livejournal.com]

Странно, неужели с растениями так плохо, что такая куча 60-к сделана с неидентифицированных генов? Даже не верится. Человеческие чипы тоже по 30-50 тысяч генов, но они все известны.

Кстати, только сегодня смотрел предметы ф-та биоинженерии МГУ по специальности "биоинженерия":

генной инженерии;
биоинженерии микроорганизмов, растений и животных;
клонирования и трансплантации клеток;
белковой инженерии;

так что клонировали, клонируют и будут клонировать!

[progenes.livejournal.com]

(сойдите, пожалуйста, с больного мозоля) Как только появится нормальная аннотация ячменного чипа, я дам знать. Это при том, что уже из стен инстутута выпорхнула парочка биоинформатический профессоров, защитилась дюжина постдоков, но до сих пор (цензоред) нормального человеческого тула для анализа чипов не разработали. Я своими ручками держала за горло несколько живых биоинформатиков на тему "дайте, суки, скрипт, а то задолбалась в экселе считать", но они выдрались из моих лап живыми.

[lubech.livejournal.com]

Ну, еще 40 лет назад написали: один королевский обед обходится дороже, чем полугодичное содержание Соанской академии наук. Это основное.

А вот частное мнение: К.Еськов в 1999 году писал в своем эссе, что "В БЛИЖАЙШИЕ ГОДЫ" (он написал выделенно) проблема замены органов перейдет из фундаментальной плоскости в финансовую, наподобие замены запчастей для автомашины. И какое мы видим убогое сейчас: печатанье зародышей печени на струйном принтере, что из них вырастет, непонятно.

Наверно, первое определяет второе, нес па?
И не только на просторах СНГ, а и во всем мире в целом. Поэтому и бегут способные программисты в кино, где живые деньги.

[progenes.livejournal.com]

Да, с биоинформатиками в науке есть одна принципиальная проблема - они как бы тоже ученые и до сих пор их задача разработка нового тула и, как следствие, защита диссертации. Потом этот информатик уплывает в неизведанные дали, его тул коряв и неюзабелен и кроме него никто им пользоваться не умеет. Надо подождать, пока наберется критическая масса информатиков, чтобы они осознали себя неотъемлимым биосервисом.

[mad-beaver.livejournal.com]

А вот этого не надо :)

Видеоигры и кино - это очень могучий стимул для роста вычислительной мощности в последние 25 лет.

Без этого биоинформатики получили бы ту мощУ, в которой они сейчас купаются (и буквально за копейки) лет на 20 позже.

[progenes.livejournal.com]

А никто и не спорит, что видеоигры и кино это стимулы. Но раз нам достаются обноски, то я считаю своим долгом сориентировать людей в текущих научных координатах. А то ишь, размечтались.

[kouprianov.livejournal.com]

And they hae sworn a solemn oath
John Barleycorn should die (c)

[progenes.livejournal.com]

хехе :-) а ячмень, кстати, только потому, что диплоид. На пшеницу давно замахиваются, но геномика не по зубам из-за полиплоидности. Так что ячмень у нас едва ли не единственная злаковая модель после кукурузы и риса. А с рисом китайцы, японцы и прочие индусы такую конкуренцию делают, что скоро будут громко смеяться с наших трехмерных моделей.

[interruptor.livejournal.com]

А це зерно якого розміру в реальності?

[progenes.livejournal.com]

зерно ячменю? ну, може міліметрів п"ять-шість уздовж.

[bagdan.livejournal.com]

В огороде бузина, а в Киеве дядька.

[progenes.livejournal.com]

шо?

[errorrishe.livejournal.com]

ну а что
я вон после мехмата делаю убогий софт для банков по причине того что за это платят а за расчеты пьезоэлектрической хрени - нет... Обидно только то что 5 лет матфака были явно ни к чему - уж очень слабо пригодились. Хотя в резюме оно смотриться ок, народу нравиться.

[progenes.livejournal.com]

да уж

[poaefolia.livejournal.com]

а в смысле нечто по 60 н. длиной? именно 60, или плюс-минус...

[progenes.livejournal.com]

В смысле ровно 60 н. Это то, что Agilent нанес на чип. Нанести-то он нанес и, вероятно, он эти 60 н. не с головы придумал, а с каких-то EST нагенерировал. Но описания, с какого это клона и что он кодирует, нету.

[oleg-bondarenko.livejournal.com]

простите, может не в тему, а это правда, что 70% нуклеотидных последовательностей в клетках человека на самом деле не кодируют ничего? подумалось, что понимание смысла этих последовательностей было бы тоже очень увлекательно для науки. а картинка очень даже хороша с эстетической точки зрения )

[progenes.livejournal.com]

70% это что-то маловато. Некоторые подозревают, что до 90% non-coding. Разумеется, что для науки это увлекательно и она этим активно занимается. Но проблема в том, что даже с теми парочкой процентов кодирующих мало чего ясно.

[snake-d-ha.livejournal.com]

Правильной монетаризации науке не хватает.

[progenes.livejournal.com]

Представьте себе таблицу екселя.
По вертикали 43 тыщи генов. По горизонтали 54 колонки данных гибридизации так, что на каждый ген приходится какой-то показатель (в даном случае интенсивность свечения спота в условных единицах).

Мне надо.
1. Отфильтровать такие значения, которые меньше 100, хотя бы в одной из 54 гибридизаций. Шумы.
2. В числе этих 54 гибридизаций есть 3 повтора (итого, 54:3 равно 18 массивов) Значит мне надо отфильтровать те, где среднее арифметическое этих троих повторов отклоняется от ошибки. Отфильтровать.
3. Сравнить средние арифметические (или посчитать коэфициенты достоверности, например ттест) тех 18 колонок, на которые я ткну пальцем. Отфильтровать те, которые недостоверны, оставить те, которые достоверно они отличаются между собой и посчитать насколько отличается интенсивность работы гена в разных тканях и насколько.
4. Посортировать. На выходе из 43 тыщ может остаться пару тыщ статистически довтоверных отличий хотя бы в одной из 18ти массивов.
5. Посмотреть что это за ген (18 тыщ) из которых у меня информация только о его 60ти нуклеотидах.
6. Для этого надо поймать того негодяя, который делал этот чип и под пытками получить нормальную аннотацию.
7. В противном случае надо бластить эти 60ти меры с теми коллекциями EST, до которых я могу дотянуться, но это совсем другая история.

[polryby3.livejournal.com]

Руслана, объясни, плиз, вот это непонятно для меня явление сравнительно недавно возникше явление.
Что это за новая формация специалистов, прилепившихся к биологии - биоинформатики? Что они учили в вузе, что они делают на работе, и какого лешего ты (и другие тебе подобные) как специалист-биолог от них так зависишь?
Просто натыкаюсь часто на название - биоинформатики, а нафига они нужны, если есть учебник по статистике, мне до сих пор не вполне понятно.

[progenes.livejournal.com]

Это тепер такая каста. Справедливости ради замечу, что они статистикой не очень-то и занимаются. Вот смотри, сделали мы cDNA библиотеку, нагенерировали EST. Сейчас это может быть до нескольких миллионов последовательностей. Биоинформатики придумывают алгоритмы для сбивания этих кусков в консенсусные последовательности. Отрезают от них контаминирующие векторные последовательности. Затем эти последовательности надо сравнить со всеми известными, посортировать по биологическим функциям, чтобы хотя бы приблизиться к пониманию того, что уже известно, а что еще нет. Биоинформатики также создают web-based базы данных этих сиквенсов. Это одно направление. Другое направдение - это разработка софта для анализа чипов, начиная от детекции спотов, заканчивая разработкой юзер-френдли интерфейса для той же статистики. В идеале это должно выглядеть, как бы я сливаю все файлы чиповой гибридизации в одно место, нажимаю кнопочки с критериями фильтрования, а на выходе у меня тул визуализации c кластеризацией и прочими красивыми картинками. Вот это то, что меня собственно интересует и интерпретацией чего я должна заниматься.
Ну и наконец, некоторые биоинформатики занимаются анализом и конструированием изображений. Там я вообще не шарю.

[alll]

Все беды оттого, что у растений крайне неупорядоченная половая жизнь.

[progenes.livejournal.com]

Да ну. Половая жизнь растений под полным контролем.

[fiona222.livejournal.com]

Ну, как бы Камерон не виноват. Да и у нас над визуализацией Стэнфорд работает, а они как бы не самые последние в биогенетике. Я писала об этом у себя и тоже в связи с Аватаром:

http://fiona222.livejournal.com/751.html

[progenes.livejournal.com]

Ух ты как интересно! У нас тоже красивые картинки получаются. Кто не в теме, может даже удивиться и восхититься. Вот бы поговорить с стэнфордскими визуализаторами, думаю, что много интересного можно было бы узнать.

[progenes.livejournal.com]

зріш в корєнь! не вистачає ще слів hypothetical і probable

[m-ivanov.livejournal.com]

У меня, как у программиста, возникает вопрос - а вариант "у ваших программистов кривые руки" не рассматривался? Потому, что судя вот по этому описанию (http://progenes.livejournal.com/80246.html?thread=3322486#t3322486) задача - тьфу. Я что-то не так понял?

[progenes.livejournal.com]

Вашими устами да мед пить. Коль скоро я насобачилась это делать в экселе, стало быть дело несложное. Но тут всю систему менять надо. Прихожу я с конкретными требованиями к информатику, а он начинает брови морщить, у него диссер, а скрипт туда не впишешь. Беру за глотку начальство, оно начинает тужиться и придумывать, как эта считалка должна выглядеть - веб-based или как скрипт для юзания линуксового сервера через secure shell . Догадывается, что просто скрипт дела не решит, потому что биолухов потом еще линуксовым командам надо учить, а для веб-based, чтобы было удобно, универсально, юзер-френдли и биологодоступно, надо ресурсы, которых нет, как нет и желания. Был у меня когда-то завалящий скрипт для R с чужого плеча, но он работал по принципу - тут мы рыбу заворачиваем, а тут ноты.

[fragesteller.livejournal.com]

Ну у вас, биолухов, хоть что-то. А геологам почти ничего на науку не дают. Так, копейки капают. Единственные прибыльные отрасли связаны с горючкой, а единственная теоретическая отрасль, интересующая немецкое правительство - седиментология. Они там с палеоклиматологами на пару исследуют изменения климата. Emmerich lässt grüßen :(