Про Аватар.

[progenes]

Все посмотрели уже Аватар? Понравилось? А теперь смотрите сюда и слушайте. Если дело пойдет и дальше так, то фиг вы получите не только клонированных инопланетян, но и людишек даже в ближайшие тыщу лет!

Приблизительно в 2001 году у нас в группе стартовал проект по визуализации развития ячменного семени. Идея заключалась в том, чтобы накрошить семя на тонкие срезы, все заснять и сложить с помощью информатиков в 3D модель. Это программа-минимум. Программа-максимум заключалась в том, чтобы сделать точный анатомический атлас семени и интегрировать в модель места работы определенных генов. Лет пять бодались, получилась убогая картинка, которая не обогатила человечество знаниями ни на йоту. Вот такая.


Взяли на проект нового цитолога и новых информатиков, дали им лазер для нарезки. Накрошили и собрали модель чуток получше. Но показать вам ее я не могу, потому что биологи поссорились с информатиками по поводу на каком сервере вывешивать картинки - у нас в институте, или у них в недружественном университете. Пока не решат, человечество так и не узнает, что там в ячменном семени внутри. Впрочем, ничего нового там тоже не нашли, просто красиво. Я видела.

UPD: оказалось, что самые красивые картинки ньювасюковцы Pattern Recognition Group выложила у нас на сайте: Projects=>Automatic Generation of 3-D and 4-D Models. Выглядит душераздирающе.

Теперь касательно реализации программы-максимум про те гены, которые там работают. Я там каким-то боком, поэтому расскажу, меня прет. Вырезали лазером ткани очень махонькие из этих срезов. Выделили из них РНК и загибридизовали на ячменный чип на котором 43 тысячи генов. Звучит наверное очень красиво и удивительно. Но пока все интеллектуальные силы информатиков брошены на конструирование 3D-эффектов Аватаров, я тут обливаюсь горючими слезами. Я уже вижу, какие генные последовательности включились в этом гребаном семени, я головой и ручками в Экселе посчитала. Но как только я решила посмотреть, что именно это за гены, то тут (цензоред) меня ждало жестокое разочарование. Потому что из всех 43 тыщ генов автоматически определены едва 5%. А остальное 95% неидентифицированное нечто по 60 нуклеотидов длинной. И вот уже вторую неделю я терзаю всемирное биоинформатическое комьюнити в надежде, что может какая биоинформатическая сволочь их когда-то где-то определила, иначе все эти чипы (цензоред)коту под хвост. Мне "пшеничные" спецы смеются гомерически в лицо, потому что у них дела обстоят еще хуже, у них и этой информации нету.

А в это время, в Германии финансирование немецкого кинематографа больше, чем финансирование науки. А бюджет одного голливудского Аватара будет поболе финансирования всей мировой биоинформатики. Поняли? Так что клонированные аватары в ближайшем будущем только в кино.

Comments

[progenes.livejournal.com]

Вашими устами да мед пить. Коль скоро я насобачилась это делать в экселе, стало быть дело несложное. Но тут всю систему менять надо. Прихожу я с конкретными требованиями к информатику, а он начинает брови морщить, у него диссер, а скрипт туда не впишешь. Беру за глотку начальство, оно начинает тужиться и придумывать, как эта считалка должна выглядеть - веб-based или как скрипт для юзания линуксового сервера через secure shell . Догадывается, что просто скрипт дела не решит, потому что биолухов потом еще линуксовым командам надо учить, а для веб-based, чтобы было удобно, универсально, юзер-френдли и биологодоступно, надо ресурсы, которых нет, как нет и желания. Был у меня когда-то завалящий скрипт для R с чужого плеча, но он работал по принципу - тут мы рыбу заворачиваем, а тут ноты.

[jambojet.livejournal.com]

Короче дело упирается в молчаливого индуса, который в подвале будет тихо кодить скрипты и говнопроги, какие ему биологи скажут, без всяких санкций начальства.

Может скинетесь на доширак? )

[http://sepulcarium.org/blog/ (from livejournal.com)]

Давно известно, что спасение утопающих заботит лишь утопающих. Скрипты придётся писать своими руками. Тот же питон, который уже упоминали, не слишком сложен. Всё таки компьютеры — это программируемые устройства