Про Аватар.

[progenes]

Все посмотрели уже Аватар? Понравилось? А теперь смотрите сюда и слушайте. Если дело пойдет и дальше так, то фиг вы получите не только клонированных инопланетян, но и людишек даже в ближайшие тыщу лет!

Приблизительно в 2001 году у нас в группе стартовал проект по визуализации развития ячменного семени. Идея заключалась в том, чтобы накрошить семя на тонкие срезы, все заснять и сложить с помощью информатиков в 3D модель. Это программа-минимум. Программа-максимум заключалась в том, чтобы сделать точный анатомический атлас семени и интегрировать в модель места работы определенных генов. Лет пять бодались, получилась убогая картинка, которая не обогатила человечество знаниями ни на йоту. Вот такая.


Взяли на проект нового цитолога и новых информатиков, дали им лазер для нарезки. Накрошили и собрали модель чуток получше. Но показать вам ее я не могу, потому что биологи поссорились с информатиками по поводу на каком сервере вывешивать картинки - у нас в институте, или у них в недружественном университете. Пока не решат, человечество так и не узнает, что там в ячменном семени внутри. Впрочем, ничего нового там тоже не нашли, просто красиво. Я видела.

UPD: оказалось, что самые красивые картинки ньювасюковцы Pattern Recognition Group выложила у нас на сайте: Projects=>Automatic Generation of 3-D and 4-D Models. Выглядит душераздирающе.

Теперь касательно реализации программы-максимум про те гены, которые там работают. Я там каким-то боком, поэтому расскажу, меня прет. Вырезали лазером ткани очень махонькие из этих срезов. Выделили из них РНК и загибридизовали на ячменный чип на котором 43 тысячи генов. Звучит наверное очень красиво и удивительно. Но пока все интеллектуальные силы информатиков брошены на конструирование 3D-эффектов Аватаров, я тут обливаюсь горючими слезами. Я уже вижу, какие генные последовательности включились в этом гребаном семени, я головой и ручками в Экселе посчитала. Но как только я решила посмотреть, что именно это за гены, то тут (цензоред) меня ждало жестокое разочарование. Потому что из всех 43 тыщ генов автоматически определены едва 5%. А остальное 95% неидентифицированное нечто по 60 нуклеотидов длинной. И вот уже вторую неделю я терзаю всемирное биоинформатическое комьюнити в надежде, что может какая биоинформатическая сволочь их когда-то где-то определила, иначе все эти чипы (цензоред)коту под хвост. Мне "пшеничные" спецы смеются гомерически в лицо, потому что у них дела обстоят еще хуже, у них и этой информации нету.

А в это время, в Германии финансирование немецкого кинематографа больше, чем финансирование науки. А бюджет одного голливудского Аватара будет поболе финансирования всей мировой биоинформатики. Поняли? Так что клонированные аватары в ближайшем будущем только в кино.

Comments

[progenes.livejournal.com]

Это тепер такая каста. Справедливости ради замечу, что они статистикой не очень-то и занимаются. Вот смотри, сделали мы cDNA библиотеку, нагенерировали EST. Сейчас это может быть до нескольких миллионов последовательностей. Биоинформатики придумывают алгоритмы для сбивания этих кусков в консенсусные последовательности. Отрезают от них контаминирующие векторные последовательности. Затем эти последовательности надо сравнить со всеми известными, посортировать по биологическим функциям, чтобы хотя бы приблизиться к пониманию того, что уже известно, а что еще нет. Биоинформатики также создают web-based базы данных этих сиквенсов. Это одно направление. Другое направдение - это разработка софта для анализа чипов, начиная от детекции спотов, заканчивая разработкой юзер-френдли интерфейса для той же статистики. В идеале это должно выглядеть, как бы я сливаю все файлы чиповой гибридизации в одно место, нажимаю кнопочки с критериями фильтрования, а на выходе у меня тул визуализации c кластеризацией и прочими красивыми картинками. Вот это то, что меня собственно интересует и интерпретацией чего я должна заниматься.
Ну и наконец, некоторые биоинформатики занимаются анализом и конструированием изображений. Там я вообще не шарю.

[polryby3.livejournal.com]

Ну то есть, как я поняла, никаких мышей/помидоров они не колют и не режут, ДНК не выделяют, бактерии не сеют, а работают чиста с цифирями и буквами. Хорошо устроились, однако! Одно радует, что хоть какой-то толк от них предвидится, раз хоть сиквенсы читать умеют.
У нас типа таких тоже есть - руки пачкать и травиться при отборе и анализе проб не хотят, зато модельку по предоставленным цифрам рассчитывают. Только нафиг никому не нужна та моделька, ибо коэффициенты в ней берутся почти с потолка, и кроме того, позабыто множество неучтенных факторов.

[progenes.livejournal.com]

не, ты представь картину маслом. зовут меня на брейнсторминг с одним биоинформатиком. молодой зеленый. взяли на Большой Проект, где должны все посчитать и наконец расшифровать и визуализировать. прошел год, информатик погрустнел, спрашивает чего считать, надо ж защищаться. ищет бедолага хоть кого-нить, у кого есть хоть что-то для посчитать. позвали меня, потому что у меня всегда есть что считать. слово за слово, оказывается опять будет модель со всем встроенным - геномикой, протеомикой и ферментативной активностью в картинках. (я уже эти слова слышать не могу - визуализация и моделирование). то, что мне надо, он считать не может. не вписывается в концепцию. для разработки подойдут какие-то ненужные и уже посчитанные гороховые чиповые гибридизации, которым сто лет в обед. я, значит, так ручки старательно расслабляю, потому что они складываются в кулаки. дала ему данные, рожает еще одну (цензоред) модель, которая никому, кроме него не нужна. паразитирует, так сказать, на результатах.