![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
progenesGeorge Church и J. Craig Venter провели короткий курс синтетической геномики в рамках третьей культуры Edge для ученых, журналистов и культурных импресарио. С видео и короткими откликами участников тут.
О Крэйге Вентере я уже писала, а имя Джоджа Черча больше известно специалистам-молекулярщикам по первому методу секвенирования ДНК, который он разрабатывал вместе с Wally Gilbert.
Синтетическия геномика - новая область биологических исследований, комбинирующая науку и инженерию с целю получить новые биологические функции и системы. Синтетическая геномика все еще на стадии звездных карт, хотя она становится чем-то вроде Google Earth быстрее, чем думает большинство людей.
Вопросы, которые рассматривались на курсе (из откликов):
Жизнь - понятие качественное или количественное? Каждый прорыв в науке случается тогда, когда мы учимся что-то измерять, нежели качественно описывать. Например, тепло это не присутствие или отсутствие какой-то субстанции или качества, но скорее измеряемая характеристика комплекса термодинамических систем. Может ли это также присуще жизни?
Измерение саморепликации ДНК открывает нам такие количественные горизонты. Черч и Вентер приводят следующие аргументы в возможности подсчета количества жизни.
1. Минимальная самореплицирующая система содержит 151 ген, бактерия и дрожжи - около 4000, человек - 20000 генов.
2. Всех существующих возможных азотистых оснований для нуклеотидов 12 (6 пар), используется 4 (2 пары). (Примечание, в оригинале статьи пишут "There are 12 possible amino acid bases (6 pairs); we ended up using 4 bases (2 pairs); other biological systems are possible". Не верьте. Отклик писал программист Tim O’Reilly , бес попутал аминокислоты и нуклеотиды).
3. Человек - это скорее экологическое образование, а не только организм. Человеческий микробиом - 23 "кило" человеческих генов и 10 "кило" бактериальных.
4. Ранние оценки численности живых организмов ограничены тем, что можно было культивировать в лабораторных условиях; путем отбора проб ДНК в воде и почве, мы обнаружили, что мы недосчитались на много порядков.
5. Биомасса бактерий в земле и морях больше всей биомассы видимых растений и животных.
6. Снижение стоимости секвенирования генов опережает рост Закон Мура (1.5x/year): количество нуклеотидов, прочитанных за доллар растет на 10x в год.
В настоящее время революции в области геномики и синтетической биологии будут такими же глубокими, как формирование современной химии и физики из средневековой алхимии.
О Крэйге Вентере я уже писала, а имя Джоджа Черча больше известно специалистам-молекулярщикам по первому методу секвенирования ДНК, который он разрабатывал вместе с Wally Gilbert.
Синтетическия геномика - новая область биологических исследований, комбинирующая науку и инженерию с целю получить новые биологические функции и системы. Синтетическая геномика все еще на стадии звездных карт, хотя она становится чем-то вроде Google Earth быстрее, чем думает большинство людей.
Вопросы, которые рассматривались на курсе (из откликов):
Жизнь - понятие качественное или количественное? Каждый прорыв в науке случается тогда, когда мы учимся что-то измерять, нежели качественно описывать. Например, тепло это не присутствие или отсутствие какой-то субстанции или качества, но скорее измеряемая характеристика комплекса термодинамических систем. Может ли это также присуще жизни?
Измерение саморепликации ДНК открывает нам такие количественные горизонты. Черч и Вентер приводят следующие аргументы в возможности подсчета количества жизни.
1. Минимальная самореплицирующая система содержит 151 ген, бактерия и дрожжи - около 4000, человек - 20000 генов.
2. Всех существующих возможных азотистых оснований для нуклеотидов 12 (6 пар), используется 4 (2 пары). (Примечание, в оригинале статьи пишут "There are 12 possible amino acid bases (6 pairs); we ended up using 4 bases (2 pairs); other biological systems are possible". Не верьте. Отклик писал программист Tim O’Reilly , бес попутал аминокислоты и нуклеотиды).
3. Человек - это скорее экологическое образование, а не только организм. Человеческий микробиом - 23 "кило" человеческих генов и 10 "кило" бактериальных.
4. Ранние оценки численности живых организмов ограничены тем, что можно было культивировать в лабораторных условиях; путем отбора проб ДНК в воде и почве, мы обнаружили, что мы недосчитались на много порядков.
5. Биомасса бактерий в земле и морях больше всей биомассы видимых растений и животных.
6. Снижение стоимости секвенирования генов опережает рост Закон Мура (1.5x/year): количество нуклеотидов, прочитанных за доллар растет на 10x в год.
В настоящее время революции в области геномики и синтетической биологии будут такими же глубокими, как формирование современной химии и физики из средневековой алхимии.
Tags:
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2009-08-06 02:29 pm (UTC)А в новейшей истории вопроса - polony sequencing не он придумал?
no subject
Date: 2009-08-06 02:35 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 04:35 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 07:11 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 08:58 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 09:06 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 02:34 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 02:35 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 02:50 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 02:57 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:06 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:08 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:08 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 07:06 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 12:50 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 12:55 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 02:24 pm (UTC)В геноцентризме Докинса мне не понравился именно чрезмерный "центризм". Он, на мой взгляд, "плавает" в других областях биологии, например, том что касается экосистем. От настоящего ученого ждешь, что он на достаточно высоком уровне разбирается и в смежных областях, тем более нужных по его работе. Не двигает эти области вперед (это он делает в своей), но знает на достаточно высоком уровне, включая последние веяния.
Хотя я к Докинсу с большим уважением отношусь, но это не значит что считаю "на Солнце нет пятен".
no subject
Date: 2009-08-06 03:23 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 03:27 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 07:03 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 06:28 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 07:07 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-06 08:35 pm (UTC)цитіруємий кусок (в скобках наші ремарки)
Измерение саморепликации ДНК открывает нам такие количественные горизонты ("колічєствєнні горізонти", це машинний перевод? а "ізмєрєніє саморєплікації" - це як? єдініцу ізмєрєнія дайте у сістємі сі, реплікація в сєкунду, ілі шо там ще...). Черч и Вентер приводят следующие аргументы в возможности подсчета количества жизни ("возможность подщьота колічєства жизні" - десь отут кроєтся саме основне, но както воно по кітайскі сказано). (кстаті - непоніманіє не дінеться нікуда, даже єслі це все читать мовою оригіналу... дословно то це буде іменно так...)
1. Минимальная самореплицирующая система содержит 151 ген, бактерия и дрожжи - около 4000, человек - 20000 генов. (опять же - к чєму, не сложно добавить кучу похожих аргументів, це ж аргументи в нас чі шо?... це у одном расказі о.генрі у кавбойца була така книжка, так це ще сто год назад було, та де - больші! так уже тоді було ізвєсни такі важнєйші аргумєнти, як суммарна дліна всіх річок на планеті, колічєство звьозд на небі в усіх чотирьох небесних полусфєрах, а также, шо немаловажно, колічєство ліса на душу насєлєнія у фінляндії)
2. Всех существующих возможных азотистых оснований для нуклеотидов 12 (6 пар), используется 4 (2 пары). (Примечание, в оригинале статьи пишут "There are 12 possible amino acid bases (6 pairs); we ended up using 4 bases (2 pairs); other biological systems are possible". Не верьте. Отклик писал программист Tim O’Reilly , бес попутал аминокислоты и нуклеотиды).
3. Человек - это скорее экологическое образование, а не только организм. Человеческий микробиом - 23 "кило" человеческих генов и 10 "кило" бактериальных. (аргумєнт - всім аргумєнтам аргумєнт... єстєствєнно - бо люди ж наче еукаріоти? кстаті - мітохондріальну днк - щітають за бактеріальну?)
4. Ранние оценки численности живых организмов ограничены тем, что можно было культивировать в лабораторных условиях (ну це таке - для того шоб пощітать олєнів у лісі - так какашки щітають, і нікакой лабалаторії не нада...); путем отбора проб ДНК в воде и почве, мы обнаружили, что мы недосчитались на много порядков (так це понятно, но шо імєлось ввіду? шо не були учтєни бактерії у оленячіх какахах? да, а ще ж нада здєлать поправку на самореплікацію цих бактерій у какахах ізмєрєнну як було ізложено у аргумєнті више... ілі шо можно пощітать колічєство штук риби у ставку взявши воду на аналіз днк? ілі опріділить, шо там кромі риби єсть іщє прєдставітєлі пєріфітона якого нібуть, або бентоса...).
5. Биомасса бактерий в земле и морях больше всей биомассы видимых растений и животных. (очєнь странно, очєнь странно і ніколи б не повірив би. а кстаті у морских екосистемах зоомасса прєвишає фітомассу - це можно в аргумєнти защітать?)
6. Снижение стоимости секвенирования генов опережает рост Закон Мура (1.5x/year): количество нуклеотидов, прочитанных за доллар растет на 10x в год. (а про мікроскопи забули написать... і про космос)
В настоящее время революции в области геномики и синтетической биологии будут такими же глубокими, как формирование современной химии и физики из средневековой алхимии. (канєшно - у нас же єсть желєзні аргумєнти - зємля - спі спокойно.)
до вас лічьно претензій нема, но от скажіть, почєму так сіро?
наукові статті, (або даже якесь інше наукове бла бла бла) написані таким слогом нагадують один пост
http://giggster.livejournal.com/72065.html
шото непонятно... може це юмор такий тонкій? тоді на всякий случяй: хахаха!
no subject
Date: 2009-08-07 01:10 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 06:56 am (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:08 pm (UTC)відео нажаль не подивлюсь, бо у мене шото десь у експлорері якась галочка не виставлена, а найти її как раз влом, так шо ви в чьом то прави
no subject
Date: 2009-08-07 01:10 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:26 pm (UTC)- чув, от тут ми накрапали трохи аргумєнтів - ти ото туда його виложи шоб усі бачили... - потом трохи подумавши. - І мені у трьох екземплярах распічятай.
- на пісьмєнних бланках? - питає програміст.
- та нє, он реферати, шо студенти понаприносили, возьми і з обратной сторони напічятай... - потом трохи подумавши. - А вопщє ,давай ще три на бланках.
no subject
Date: 2009-08-07 01:32 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:59 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 02:15 pm (UTC)кстаті - мітохондріальну днк - щітають за бактеріальну?
no subject
Date: 2009-08-07 01:31 pm (UTC)http://www.edge.org/documents/life/Life.pdf
вопщє - оце глянув на то шо там презентують - якесь збіговисько. собрались у якомто сараї гамбургєри їдять і з-за столу не прибірають, і сидять у разнузданих позах, і ні на ком ні кастюма ні галстука! може то все бакалаври які? може вас обманюють? а може то афірісти!
і прочітать нестіко раз слово
Date: 2009-08-08 10:30 am (UTC)Профанский вопрос
Date: 2009-08-06 09:21 pm (UTC)вот такую ссылку нашел (http://www.membrana.ru/print.html?1234886640)
И насколько это серьезная вещь?
Re: Профанский вопрос
Date: 2009-08-07 07:01 am (UTC)Re: Профанский вопрос
Date: 2009-08-07 12:45 pm (UTC)Я бы исключил из этого слово "химическая". В принципе, если бы удалось создать, например, компьютерные программы, которые в отличие от нынешних "компьютерных вирусов" (ни на какое саморазвитие не способных) способны эволюционировать, это была бы жизнь. Хотя ни в коей мере не химическая.
Кстати, в рамках такого определения вирусы, насчет которых у ряда ученых есть сомнения, относить ли их к миру живого, явно живые.
Re: Профанский вопрос
Date: 2010-05-21 02:28 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 11:39 am (UTC)http://www.newscientist.com/article/dn17514-evolution-machine-speeds-up-search-for-better-bugs.html
The American chemicals firm DuPont, for instance, spent nearly seven years and hundreds of millions of dollars to identify 20 genetic changes that optimise microbes to produce a chemical used as a commercial solvent called 1,3-propanediol, Isaacs and Wang say.
By contrast, the new approach, which is called multiplex automated genome engineering or MAGE, can create hundreds or thousands of mutations in a few days at a cost of a few thousand dollars.
no subject
Date: 2009-08-07 12:57 pm (UTC)no subject
Date: 2009-08-07 01:34 pm (UTC)